SMK Pelayaran Kupang adalah lembaga pendidikan kejuruan maritim yang hadir untuk menjawab kebutuhan akan tenaga kerja profesional di dunia pelayaran nasional dan internasional. Dengan pendekatan pendidikan yang berbasis karakter, keterampilan, dan spiritualitas, kami berkomitmen mencetak generasi unggul, siap kerja, dan berwawasan global.
Didirikan oleh seorang Mantan Nakhoda, Syahbandar, Kepala Pandu dan Staf Kementrian Perhubungan, Bapak Robert Anthonie. Beliau memiliki visi besar dalam membangun sumber daya Manusia unggul di Nusa Tenggara Timur, agar pelaut NTT dapat bersaing dengan pelaut ditingkat Nasional.
Pada tahun 1992 dimulai berdirinya Lembaga Pendidikan Ketrampilan Kemaritiman di bawah “Yayasan Pendidikan dan Latihan Ketrampilan Maritim Indonesia” disingkat YASPELTRA MARINDO, dengan mengambil tempat gedung Sekolah Dasar Di Koenino, yang digunakan untuk mendidik kurang lebih 30 siswa.
Setelah beberapa tahun berjalan sebagai Lembaga Pendidikan Keterampilan akhirnya berubah menjadi sekolah formal SPM Pelayaran, yang kemudian berubah menjadi SMKS Yaspeltra Marindo. SMKS Yaspeltra Marindo Kupang mendapatkan ijin Operasional dari Dinas Pendidikan dan Kebudayaan pada tanggal 23 Nopember 1998 dengan ijin nomor : 18816/I 21/I/1998. Selanjutnya SMKS Yaspeltra Marindo berubah nama menjadi SMK Pelayaran Kupang.
SMK Pelayaran Kupang dilengkapi dengan fasilitas modern dan tenaga pengajar profesional untuk menunjang pembelajaran berkualitas.